整理目前的循環經濟上在執行時所遇到的困難，大致上可分為下列幾點：
1. 缺乏強而有力主導機關，欠缺跨部會整合：循環經濟牽涉議題非常廣泛，目前靜脈產業的主管機關以環保署為主，動脈產業的主管機關包含經濟部及其他事業目的主管機關，其他相關單位舉凡行政院、環保署、經濟部、衛福部、交通部、農委會、地方政府等等，要達成循環經濟願景，應先充分了解問題，由行政院釐清各機關權責，指定各目的事業主管機關負責統合各部會，協助機關之間的溝通協調，整合各方的專業、行政資源及執行權限；
2. 循環經濟法源依據不明，缺乏法律內容及適合的法律位階：推動循環經濟需要各政府部門的整合，也需要有高位階的法源依據支撐實際施行狀況，現行雖有廢棄物清理法及資源回收再利用法等法源，規範廢棄物的產出/清除/處理/再利用、及廢棄物減量/資源循環利用，條文中雖有一定程度的管制工具，但受限於此二法規的立法角度是由考量對環境危害出發進行管制，再允徐其中合格資源循環再利用，對於二次資源流動較不利；
3. 循環經濟中的名詞定義認知不同：循環經濟涉及產品、廢棄物、二次產品之間的名詞使用，缺乏嚴謹的名詞定義下容易造成社會大眾的認知誤解，也導致環保署整併廢棄物清理法及資源回收再利用法而成的「資源循環利用法」草案遲遲無法通過立法院三讀；
4. 缺乏整合性平台運作機制：若單從廢棄物角度思考如何處理廢棄資源，該些資源的用途將會受限，應由再利用產品可發揮的功能思考，因此包含工業產品生產量與各縣市廢棄資源流向流量資料的平台就相當重要，搭配製造業、公會、二次物料生產部門、二次物料主關機管等等各角色的參與，平台系統再提供一個完整資料庫時，才能有效促進循環經濟機制的自動運作，甚至形成有效的二次物料交易市場。
5. 缺乏循環經濟技術和設師的資金投入：循環經濟的特點是，物質使用後應避面直接廢棄，要使其直接回到經濟體中，盡量保留資源價值，這個過程則需要導入新興技術，包含再製造生產模式、物質提取純度上升、綠色產品設計、產品或服務最大化的新興商業模式、及回收拆解面的新型設施、專業人力的訓練培養等，都需要資金投入。
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